【佳學(xué)基因檢測(cè)】肺癌靶向藥物基因檢測(cè)為什么要包含RET重排

肺癌靶向藥物基因檢測(cè)導(dǎo)讀：

個(gè)性化藥物治療肺癌患者的約來(lái)越常見的做法是利用分子靶向藥物和免疫檢查點(diǎn)抑制劑，這些藥物具有良好的治療反應(yīng)率和長(zhǎng)期預(yù)后。迄今為止，美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局（FDA）及中國(guó)食藥局已批準(zhǔn)針對(duì)表皮生長(zhǎng)因子受體（EGFR）突變、間變性淋巴瘤激酶（ALK）融合基因、ROS1、BRAF、MET外顯子14跳躍突變、RET融合基因及其相應(yīng)的分子靶向藥物。此外，KRAS突變、EGFR和HER2外顯子20插入及其相應(yīng)的分子靶向藥物也經(jīng)進(jìn)入基因解碼的分析評(píng)估范圍，并指導(dǎo)藥物的選擇使用。

然而，在佳學(xué)基因等基因解碼機(jī)構(gòu)面向公眾提供高質(zhì)量基因檢測(cè)的之前，患者的治療可能會(huì)在沒(méi)有檢測(cè)到罕見突變的情況下進(jìn)行。據(jù)佳學(xué)基因腫瘤靶向用藥基因檢測(cè)大數(shù)據(jù)分析，惡性腫瘤和細(xì)胞毒性藥物的治療效果可能因基因突變類型的不同而有所不同。因此，即使是突變陽(yáng)性的晚期肺腺癌，也可以在不使用分子靶向藥物的情況下維持長(zhǎng)期的臨床進(jìn)展。特別是在治療初期成功的情況下，由于在長(zhǎng)期存放的情況下，核酸質(zhì)量會(huì)發(fā)生改變，前期獲得的樣本可能不適合進(jìn)行腫瘤基因面板或者是基因檢測(cè)包檢測(cè)。此外，由于病變可能因治療而發(fā)生變化，選擇同一位置進(jìn)行再次活檢可能會(huì)很困難。佳學(xué)基因在案例集中有，在初始診斷七年后再次活檢后，通過(guò)基因面板檢測(cè)可檢測(cè)到RET融合。連續(xù)使用分子靶向藥物塞爾帕替尼selpercatinib顯示出明顯的療效。

肺癌靶向藥物塞爾帕替尼

塞爾帕替尼是一種分子靶向藥物，屬于酪氨酸激酶抑制劑（tyrosine kinase inhibitor，TKI）的一種。它主要用于治療某些惡性腫瘤中的特定基因變異，如RET融合基因陽(yáng)性的肺癌、甲狀腺癌和其他實(shí)體瘤。

塞爾帕替尼的作用機(jī)理是通過(guò)抑制腫瘤細(xì)胞中的激酶活性，特別是靶向RET激酶。RET是一種酪氨酸激酶受體，在正常情況下參與細(xì)胞生長(zhǎng)和分化的調(diào)控。然而，在某些癌癥中，RET基因可能發(fā)生融合，導(dǎo)致異常激活和增強(qiáng)的信號(hào)傳導(dǎo)，促進(jìn)腫瘤的生長(zhǎng)和擴(kuò)散。塞爾帕替尼通過(guò)抑制RET激酶的活性，阻斷異常的信號(hào)傳導(dǎo)通路，從而抑制腫瘤的增殖和生存能力。

塞爾帕替尼具有高度的選擇性，主要針對(duì)RET激酶，對(duì)其他酪氨酸激酶（如EGFR、ALK等）的抑制作用較低。這種高度選擇性有助于減少不必要的副作用，并提高治療的有效性。

總的來(lái)說(shuō)，塞爾帕替尼是一種靶向RET激酶的分子靶向藥物，通過(guò)抑制異常的信號(hào)傳導(dǎo)通路，抑制腫瘤的增殖和生存能力，從而在RET融合基因陽(yáng)性的肺癌、甲狀腺癌和其他實(shí)體瘤的治療中顯示出顯著的療效。

佳學(xué)基因使用過(guò)去貯存的肺癌腫瘤進(jìn)行基因檢測(cè)并找到靶向藥物的啟示

很多基因檢測(cè)機(jī)構(gòu)只進(jìn)行單基因、單位點(diǎn)突變檢測(cè)，單基因突變通常通過(guò)單重PCR方法進(jìn)行檢測(cè)。PCR具有高靈敏度和特異性、快速反應(yīng)時(shí)間和相對(duì)較低的成本，主要用于檢測(cè)EGFR基因的突變，因此得到了廣泛應(yīng)用。然而，隨著過(guò)去五年來(lái)基因解碼技術(shù)的推廣及普及，更多的肺癌驅(qū)動(dòng)基因被發(fā)現(xiàn)并且用于研發(fā)腫瘤靶向藥物。由于時(shí)間和樣本消耗的限制，依次檢測(cè)測(cè)單個(gè)基因突變變得不切實(shí)際。早在2014年，佳學(xué)基因例便推出了基檢測(cè)包，臨床醫(yī)院推出基因面板檢測(cè)，可以同時(shí)評(píng)估850個(gè)以上的癌癥相關(guān)的基因，類似的基因檢測(cè)項(xiàng)目在美國(guó)也已經(jīng)出現(xiàn)，并且是美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局（FDA）批準(zhǔn)的非小細(xì)胞肺癌測(cè)試中的首批NGS面板之一。然而，高通量腫瘤靶向藥物基因檢測(cè)需要收集組織樣本中足夠的惡性細(xì)胞并經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的實(shí)驗(yàn)流程進(jìn)行樣本處理。此外，如果樣本收集后未經(jīng)特殊儀器保存，會(huì)出現(xiàn)核酸的降解。由于核酸質(zhì)量的惡化，樣本通常不再適合進(jìn)行基因面板測(cè)試。佳學(xué)基因的病例中有的初步診斷已超過(guò)7年，在假設(shè)在這段時(shí)間內(nèi)核酸質(zhì)量可能已經(jīng)惡化的情況下，佳學(xué)基因進(jìn)行了原發(fā)病灶的再活檢。

這是一個(gè)罕見的病例，對(duì)于原發(fā)病灶，細(xì)胞毒性化療和隨后的維持治療非常有效。通常，對(duì)于突變陽(yáng)性晚期肺腺癌，細(xì)胞毒性化療的無(wú)進(jìn)展生存期約為6個(gè)月，繼續(xù)治療往往很少超過(guò)一年。即使在超越疾病進(jìn)展（beyond-PD）之后繼續(xù)治療，在大多數(shù)情況下，由于全身性疾病的惡化，不可避免地需要調(diào)整治療方案。沒(méi)有使用分子靶向藥物的具有基因突變的肺腺癌的患者預(yù)后通常較差，但也有一些病例在很長(zhǎng)時(shí)間內(nèi)觀察到腫瘤發(fā)展。特別是，據(jù)報(bào)道，RET融合肺癌顯示出較緩慢的臨床進(jìn)展。因此，與佳學(xué)基因本例的患者一樣，在長(zhǎng)期臨床過(guò)程中使用其他基因檢測(cè)機(jī)構(gòu)沒(méi)有檢測(cè)到罕見突變的病例是存在的。

塞爾帕替尼與其他分子靶向治療類似，具有足夠的全身效應(yīng)，包括對(duì)腦轉(zhuǎn)移的治療作用。通常，對(duì)于基因突變陽(yáng)性肺腺癌的一線治療是相應(yīng)的分子靶向藥物；然而，這個(gè)案例表明，當(dāng)通過(guò)順序治療以追求賊長(zhǎng)的總生存期時(shí)，藥物使用順序可能很重要。在一項(xiàng)針對(duì)RET陽(yáng)性肺癌的3期研究中，將闡明分子靶向藥物的療效，以及與細(xì)胞毒性藥物的治療效果。值得注意的是，佳學(xué)基因能夠從7年前的胸腔積液細(xì)胞塊中提取RNA，并檢測(cè)到RET融合，這些細(xì)胞塊含有較低比例的惡性細(xì)胞。

佳學(xué)基因肺癌患者臨床狀況介紹

一名67歲的男性，從未吸煙，無(wú)顯著病史，因?yàn)樽髠?cè)大量胸腔積液（圖1A）被轉(zhuǎn)診至佳學(xué)基因腫瘤基因檢測(cè)病例交換醫(yī)院。對(duì)左側(cè)胸腔積液進(jìn)行的細(xì)胞學(xué)評(píng)估顯示V級(jí)腺癌，與細(xì)胞塊病理評(píng)估一致。使用滑石粉進(jìn)行胸膜固定后，肺部膨脹良好，左S1 + 2a處出現(xiàn)一顆25×17mm的結(jié)節(jié)，被認(rèn)為是原發(fā)病灶（圖1B）。臨床上，他被診斷為腺癌T1cN3M1a，IVA期。初次基因突變篩查進(jìn)行于七年前，使用其他機(jī)構(gòu)的進(jìn)行的EGFR突變和ALK免疫組化（IHC）測(cè)試結(jié)果均為陰性。

圖1：在先進(jìn)次就診到開始進(jìn)行第二次治療期間，患者7年間原發(fā)病灶的順序圖像

一線治療包括卡鉑+培美曲塞+貝伐單抗，經(jīng)過(guò)4個(gè)療程后獲得近乎有效緩解（CR），但鼻出血仍然持續(xù)，僅進(jìn)行培美曲塞維持治療。在維持治療的25個(gè)療程中實(shí)現(xiàn)了CR（圖1C），但由于腎功能輕微惡化，治療暫時(shí)中斷。治療結(jié)束后一年，CT顯示原發(fā)病灶輕微進(jìn)展（圖1D），但反復(fù)速度較慢。確認(rèn)CT反復(fù)一年后（圖1E），重新開始培美曲塞單藥治療，原發(fā)病灶和淋巴結(jié)減?。▓D1F）。然而，在進(jìn)行了32個(gè)維持治療療程后，出現(xiàn)了快速的全身進(jìn)展。由于原發(fā)病灶再生（圖1G）、對(duì)側(cè)肺轉(zhuǎn)移、多發(fā)性肝轉(zhuǎn)移、右側(cè)腎上腺轉(zhuǎn)移和多發(fā)性腦轉(zhuǎn)移（圖2A、B），需要調(diào)整他的治療方案。

通過(guò)支氣管鏡對(duì)原發(fā)病灶進(jìn)行再活檢，細(xì)胞學(xué)評(píng)估顯示V級(jí)腺癌，組織學(xué)評(píng)估證實(shí)了這一結(jié)果。腫瘤正確用藥850基因檢測(cè)確認(rèn)患者為RET融合基因陽(yáng)性，隨后于第二天給予240mg塞爾帕替尼。第13天的CT顯示與基線影像相比（圖1H），所有轉(zhuǎn)移病灶，包括腦轉(zhuǎn)移（圖2C、D），均有良好的全身反應(yīng)。由于2級(jí)肝酶升高，繼續(xù)給予劑量減少的塞爾帕替尼（每天160mg）。使用高敏感度的下一代測(cè)序（NGS）面板系統(tǒng)：肺癌緊湊面板，并使用細(xì)胞學(xué)刷液進(jìn)行RNA檢測(cè)，證實(shí)了融合基因KIF5B外顯子15；RET外顯子12（K15RET12）。腫瘤正確藥基因解碼基因檢測(cè)還能夠從7年前的胸腔積液細(xì)胞塊的福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）標(biāo)本中進(jìn)一步確認(rèn)RET（圖3A、B），這些標(biāo)本在惡性細(xì)胞的形態(tài)學(xué)上與再活檢樣本相似，具有大核仁（圖3C、D）。從初始細(xì)胞塊樣本中收集到的RNA（1256ng）具有RNA整合數(shù)（RIN）值為4.8。單重PCR和NGS檢測(cè)均檢測(cè)到了K15RET12融合峰（圖3）。

圖3 先進(jìn)次診斷細(xì)胞塊的病理學(xué)發(fā)現(xiàn)顯示腺癌，并伴有許多淋巴細(xì)胞（A、B，H&E染色，原始放大倍數(shù)×400）。再次活檢樣本顯示有肺泡和導(dǎo)管結(jié)構(gòu)的腺癌（C、D，H&E染色，原始放大倍數(shù)分別為×200和×400）。通過(guò)PCR/NGS檢測(cè)從先進(jìn)次診斷標(biāo)本中檢測(cè)到了融合KIF5B外顯子15；RET外顯子12，再活檢標(biāo)本則通過(guò)NGS檢測(cè)。

佳學(xué)基因還通過(guò)基因檢測(cè)獲得了有關(guān)PCR和NGS技術(shù)的額外信息。使用SYBR Green實(shí)時(shí)PCR分析和熔解曲線分析，檢測(cè)存檔的細(xì)胞塊樣本中的RET融合。采用KOD SYBR® qPCR/RT試劑盒（Toyobo）進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄和實(shí)時(shí)PCR。這些分析按照制造商的方案進(jìn)行。非腫瘤野生型樣本被并行作為陰性對(duì)照進(jìn)行分析。從熔解曲線色譜圖中78度的峰值是檢測(cè)融合陽(yáng)性的標(biāo)準(zhǔn)。此外，通過(guò)對(duì)qPCR產(chǎn)物進(jìn)行NGS測(cè)序（Illumina Miseq 150 paired-end），確認(rèn)了融合邊界的序列。

對(duì)存檔的先進(jìn)次診斷樣本還進(jìn)行了肺癌緊湊面板檢測(cè)。從該分析中，也檢測(cè)到了KIF5b外顯子15_RET外顯子12融合。從該分析中獲得了中等信號(hào)強(qiáng)度的融合變異（1,335個(gè)總測(cè)序讀數(shù)中的70個(gè)融合邊界陽(yáng)性讀數(shù)）。肺癌緊湊面板檢測(cè)按照先前描述的方案進(jìn)行。肺癌緊湊面板對(duì)RET融合的檢測(cè)限度不超過(guò)1%的突變等位基因頻率。