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【佳學(xué)基因檢測(cè)】基因解碼致病基因鑒定找到108個(gè)精神病風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn),可以進(jìn)行基因檢測(cè)

【佳學(xué)基因】基因解碼致病基因鑒定找到108個(gè)精神病風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn),可以進(jìn)行基因檢測(cè)。如何進(jìn)行精神病的基因根源的基因解碼?《精神病的發(fā)病根源研究》課題組,首先納入研究課題的人員的全基

佳學(xué)基因檢測(cè)】基因解碼致病基因鑒定找到108個(gè)精神病風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn),可以進(jìn)行基因檢測(cè)


如何進(jìn)行精神病的基因根源的基因解碼?

《精神病的發(fā)病根源研究》課題組,首先納入研究課題的人員的全基因組基因型分型數(shù)據(jù),從中基因解碼研究人員構(gòu)建了49個(gè)祖先匹配、非重疊的病例對(duì)照樣本(46個(gè)歐洲血統(tǒng)和3個(gè)東亞血統(tǒng),34241個(gè)病例和45604個(gè)對(duì)照),以及3個(gè)歐洲血統(tǒng)的基于家族的樣本(1235個(gè)受父母影響的后代三人組)。這些大數(shù)據(jù)集構(gòu)成了主要的精神病患者全基因組關(guān)聯(lián)分析( GWAS)數(shù)據(jù)集。精神病基因病源學(xué)研究組使用統(tǒng)一的質(zhì)量控制程序處理所有研究的基因型,然后使用1000基因組項(xiàng)目參考小組插補(bǔ)SNP和插入缺失。在每個(gè)樣本中,使用插補(bǔ)標(biāo)記劑量和主成分(PCs)進(jìn)行關(guān)聯(lián)測(cè)試,以控制人群分層。這些結(jié)果通過(guò)一個(gè)反向加權(quán)固定效應(yīng)模型結(jié)合起來(lái)。質(zhì)量控制后(插補(bǔ)信息得分)≥ 0.6,MAF≥ 0.01,并在≥ 20個(gè)樣本),課題組分析了大約950萬(wàn)個(gè)變異序列。結(jié)果采用下圖方式展現(xiàn)。為了能夠獲得大樣本,精神疾病基因解碼課題組通過(guò)臨床醫(yī)生診斷而不是基于研究的評(píng)估來(lái)確定病例,并提供了這種方法有效性的證據(jù)。事后分析顯示,在不同的評(píng)估方法和確定模式中,相關(guān)位點(diǎn)的效應(yīng)大小模式相似,這說(shuō)明提交組基因檢測(cè)數(shù)據(jù)庫(kù)的位點(diǎn),經(jīng)過(guò)基因解碼分析事具有可重復(fù)性。這些數(shù)據(jù)進(jìn)一步強(qiáng)化了基因解碼為基因檢測(cè)提供新型位點(diǎn),并不斷提高全面性與正確性的證據(jù)。

精神病基因解碼所提交的基因檢測(cè)位點(diǎn)結(jié)果展示

曼哈頓發(fā)現(xiàn)圖——對(duì)49個(gè)病例對(duì)照樣本(34241個(gè)病例和45604個(gè)對(duì)照)和3個(gè)基于家庭的關(guān)聯(lián)研究(1235個(gè)受父母影響的后代三人組)進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)薈萃分析。x-y軸是染色體的位置(−log10(P))。紅線顯示全基因組顯著性水平(5×10)−8). 綠色的SNPs與代表獨(dú)立的全基因組顯著關(guān)聯(lián)的指數(shù)SNPs(菱形)在LD中。

基因解碼是如何建立個(gè)體、家族基因型與精神病患者基因檢測(cè)的因果關(guān)系的?

對(duì)于P<1×10-6的LD(連鎖不平衡)獨(dú)立SNPs子集−6在薈萃分析中,《精神病患者基因原因分析課題組》接下來(lái)獲得了解碼遺傳學(xué)的結(jié)果(1513例和66236例歐洲血統(tǒng)對(duì)照)?!毒癫』颊呋蛟蚍治稣n題組》將LD非依賴性SNP定義為那些在500kb窗口內(nèi)具有較低LD(r2<0.1)到更顯著相關(guān)SNP的SNP。鑒于擴(kuò)展MHC區(qū)域的高LD跨度約為8MB,《精神病患者基因原因分析課題組》保守地只包含一個(gè)MHC SNP來(lái)代表該位點(diǎn)。然后將基因解碼數(shù)據(jù)與來(lái)自主要GWA的數(shù)據(jù)相結(jié)合,得到一個(gè)包含36989例病例和113075例對(duì)照的數(shù)據(jù)集。在賊終分析中,128個(gè)LD獨(dú)立SNP超過(guò)了全基因組顯著性(P≤ 5×10-8) 。

(責(zé)任編輯:佳學(xué)基因)
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