【佳學(xué)基因檢測(cè)】這個(gè)人不怕疼，原來(lái)是這個(gè)病，很危險(xiǎn)：基因檢測(cè)案例介紹

基因檢測(cè)導(dǎo)讀：

患者是一名46歲女性，約在5歲時(shí)出現(xiàn)右踝關(guān)節(jié)畸形。成年后，她還經(jīng)歷了腰椎壓迫和膝關(guān)節(jié)損傷。盡管接受了大量評(píng)估，但始終未能得到明確的診斷。由于她的癥狀缺乏許多CIPA的常見(jiàn)臨床表現(xiàn)，評(píng)估的重點(diǎn)集中在其無(wú)法解釋的關(guān)節(jié)畸形上。外顯子組測(cè)序結(jié)果顯示，NTRK1基因中存在已知的致病變異（c.851-33T > A.? [內(nèi)含子7]）和一個(gè)新的變異（c.1483+5G > A.? [內(nèi)含子11]），后者隨后被重新歸類為可能致病。鑒于患者的關(guān)節(jié)畸形可能與炎癥有關(guān)，因此開(kāi)始使用生物制劑抗風(fēng)濕藥物（bDMARD）。通過(guò)分子診斷，我們得以調(diào)整她的治療和監(jiān)測(cè)策略。深度基因解碼碼采用實(shí)驗(yàn)小基因剪接試驗(yàn)顯示，c.1483+5G > A變體的存在對(duì)剪接有負(fù)面影響，這為該新變體的致病性提供了支持。

關(guān)鍵詞：

夏科關(guān)節(jié)、先天性痛覺(jué)缺失癥和無(wú)汗癥、診斷歷程、IV型遺傳性感覺(jué)和自主神經(jīng)病變、NTRK1、罕見(jiàn)疾病

致病基因鑒定基因檢測(cè)病例介紹

一名46歲的女性因特發(fā)性夏科關(guān)節(jié)和長(zhǎng)期右踝關(guān)節(jié)疼痛及畸形的病史而前來(lái)就診，病史始于5歲（見(jiàn)圖1A、B）。她足月出生，出生參數(shù)正常，沒(méi)有發(fā)育遲緩或智力障礙。她已完成本科學(xué)位，并且生活完全獨(dú)立。自首次出現(xiàn)右踝關(guān)節(jié)畸形以來(lái)，她在多家兒童醫(yī)院接受了廣泛評(píng)估，但未能確診。

圖1：展示了患者夏科關(guān)節(jié)的代表性照片和X光片。（A）患者右踝關(guān)節(jié)的照片（左）及同一關(guān)節(jié)的X光片（右）。（B）患者左膝的照片（左）及同一膝關(guān)節(jié)的X光片（右）。（C）患者腰椎壓縮性骨折的X光片。

患者回憶起接種疫苗后曾因疼痛而哭泣，童年時(shí)也因疼痛摔倒。如今，她在接種疫苗或意外撞到腳趾時(shí)仍能感到疼痛。在牙科手術(shù)中，尤其是在接受局部麻醉注射時(shí)，她能感受到疼痛。關(guān)于她的嘴唇、舌頭或指尖自殘的情況并沒(méi)有相關(guān)報(bào)道。由于散光，她定期進(jìn)行眼科檢查，但不記得有角膜炎或其他眼部疾病的歷史。她也未曾感染金黃色葡萄球菌。

在她30多歲時(shí)，患者曾報(bào)告失去平衡并聽(tīng)到背部發(fā)出咔嚓聲，然而這次事件并沒(méi)有明顯的疼痛感。對(duì)她的脊柱進(jìn)行了影像學(xué)檢查，包括X光、計(jì)算機(jī)斷層掃描（CT）和磁共振成像（MRI），發(fā)現(xiàn)L3-L4處有病變，可能是椎間盤炎，并伴有腰椎壓縮性骨折（見(jiàn)圖1C）。初步診斷為感染性，但未發(fā)現(xiàn)感染的具體病因。她的下背部有后凸，而正常情況下應(yīng)為前凸。

在44歲時(shí)，患者出現(xiàn)了左膝腫脹和疼痛，且沒(méi)有已知的誘發(fā)事件（見(jiàn)圖1B）。經(jīng)過(guò)骨科評(píng)估，發(fā)現(xiàn)她有大量關(guān)節(jié)積液和膝關(guān)節(jié)的破壞性改變，診斷時(shí)并未抱怨疼痛。隨后，她接受了骨科腫瘤科的評(píng)估，并進(jìn)行了關(guān)節(jié)鏡活檢，結(jié)果顯示慢性反應(yīng)性炎癥，具體病因仍不明。患者還進(jìn)行了廣泛的感染評(píng)估，包括兩次穿刺，但未發(fā)現(xiàn)感染源。

此外，患者還接受了神經(jīng)科評(píng)估，以確定癥狀是否由潛在的神經(jīng)病因引起。評(píng)估中一個(gè)顯著的發(fā)現(xiàn)是，她的雙腳趾失去振動(dòng)感，雙側(cè)內(nèi)踝、雙側(cè)髕骨和食指遠(yuǎn)端指間關(guān)節(jié)（DIP）感覺(jué)減退。肌電圖顯示腕部有輕度雙側(cè)正中神經(jīng)病，肘部則有左尺神經(jīng)單神經(jīng)病。這些發(fā)現(xiàn)符合早期輕度感覺(jué)運(yùn)動(dòng)性多發(fā)性神經(jīng)病，但不足以解釋她的關(guān)節(jié)畸形。在神經(jīng)科評(píng)估期間，未完成定量感覺(jué)測(cè)試。由于關(guān)節(jié)病變，患者在醫(yī)療過(guò)程中接受了多次風(fēng)濕病學(xué)評(píng)估。她的風(fēng)濕病學(xué)實(shí)驗(yàn)室檢查結(jié)果顯示炎癥標(biāo)志物升高（見(jiàn)表1）。基于這些發(fā)現(xiàn)及對(duì)炎性單關(guān)節(jié)炎的擔(dān)憂，她開(kāi)始每周接受一次阿達(dá)木單抗的經(jīng)驗(yàn)性治療。雖然她的血清炎癥標(biāo)志物（C反應(yīng)蛋白和沉降率）有所改善（見(jiàn)表1），但她的膝關(guān)節(jié)不適、功能或腫脹并未得到改善。

隨后，患者被轉(zhuǎn)診至佳學(xué)基因臨床醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室。她的評(píng)估通過(guò)虛擬訪問(wèn)完成，因此未進(jìn)行感覺(jué)檢查。在訪問(wèn)結(jié)束后，她同意進(jìn)行外顯子組測(cè)序的種系遺傳檢測(cè)，最初僅作為先證者進(jìn)行。外顯子組測(cè)序確定了NTRK1基因的c.851-33T>A.?（內(nèi)含子7）變體，報(bào)告顯示該變體是致病的。此外，還發(fā)現(xiàn)NTRK1基因的第二個(gè)變體c.1483+5G>A.?（內(nèi)含子11），該變體最初被報(bào)告為意義不明確。在本報(bào)告之前，尚未在診斷為CIPA的患者中發(fā)現(xiàn)這種變體。

根據(jù)ACMG（Richards等，2015年）提供的通用解釋指南，這個(gè)變體最初被歸類為意義不明確，并獲得了PM2和PP3的支持證據(jù)。ClinVar數(shù)據(jù)庫(kù)中只有一個(gè)條目，而gnomAD數(shù)據(jù)庫(kù)中沒(méi)有該條目。使用計(jì)算模型預(yù)測(cè)剪接的影響后，發(fā)現(xiàn)MaxEntScan（我們患者中發(fā)現(xiàn)的變異）對(duì)剪接具有有害影響，這進(jìn)一步支持了她被診斷為CIPA（PP3）。鑒于患者表現(xiàn)出的癥狀疑似為CIPA，因此提供了父母的樣本以確定已發(fā)現(xiàn)變異的遺傳來(lái)源，并進(jìn)一步確認(rèn)其常染色體隱性遺傳特征。

對(duì)她父母樣本的評(píng)估結(jié)果顯示，c.851-33T>A變異來(lái)自母系，而c.1483+5G>A變異則來(lái)自父系（見(jiàn)圖2）。此時(shí)，來(lái)自她父親的第二個(gè)變異已被重新歸類為可能致病，并獲得PM3和PP4的額外證據(jù)。

圖2：先證者家族的譜系

由于c.1483+5G>A變異此前尚未報(bào)道，我們進(jìn)一步研究了這種變異是否對(duì)剪接有有害影響。我們生成了一個(gè)包含NTRK1基因外顯子8至外顯子13的參考序列的小基因，并將其克隆到哺乳動(dòng)物表達(dá)載體中（見(jiàn)圖3A）。此外，我們還生成了一個(gè)含有患者中發(fā)現(xiàn)的變異的第二個(gè)小基因構(gòu)建體（見(jiàn)圖3A）。小基因報(bào)告檢測(cè)顯示，當(dāng)轉(zhuǎn)染到293T細(xì)胞中時(shí)，與參考序列相比，存在c.1483+5G>A變異時(shí)，正確剪接的轉(zhuǎn)錄本顯著減少（見(jiàn)圖3B）。小基因剪接試驗(yàn)結(jié)果表明，在我們的先證者中發(fā)現(xiàn)的變異可能導(dǎo)致體外可變剪接和剪接效率降低，這表現(xiàn)為與參考序列相比，轉(zhuǎn)錄本較小且未剪接的RNA產(chǎn)物水平增加（見(jiàn)圖3B）。
 

為檢測(cè)我們先證者中發(fā)現(xiàn)的新型NTRK1剪接變體的剪接缺陷而開(kāi)發(fā)的微基因報(bào)告檢測(cè)法。（A）微基因表達(dá)載體示意圖（未按比例繪制）。（B）用于檢測(cè)剪接變體的微基因剪接檢測(cè)的代表性電泳凝膠。

表 1.在患者評(píng)估期間獲得的炎癥標(biāo)志物顯著表現(xiàn)為 ESR 和 CRP 輕度升高。

為什么要做致病基因鑒定基因解碼基因檢測(cè)？

本文介紹的案例中的受檢者是一位46歲女性，她最初在右踝關(guān)節(jié)出現(xiàn)多個(gè)夏科氏關(guān)節(jié)，隨后病情發(fā)展至多個(gè)關(guān)節(jié)。由于多位專家的評(píng)估未能明確診斷，她被轉(zhuǎn)診至佳學(xué)基因醫(yī)學(xué)檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室，最終在NTRK1基因中發(fā)現(xiàn)了復(fù)合雜合致病變異，符合CIPA的診斷。

這是一個(gè)成年期診斷出CIPA的特殊病例，突顯了該病表型的多樣性，這可能是導(dǎo)致診斷延遲的原因之一。常見(jiàn)的特征包括痛覺(jué)受損、溫度感知受損、無(wú)汗癥、自主神經(jīng)系統(tǒng)受損和智力障礙。然而，我們的患者在疼痛刺激上保持感覺(jué)，在45歲首次進(jìn)行神經(jīng)系統(tǒng)評(píng)估時(shí)，針刺感保留。約一年后，隨后的評(píng)估顯示雙側(cè)足底和指尖的針刺感有所減弱。盡管她報(bào)告有痛覺(jué)，但由于存在多個(gè)夏科關(guān)節(jié)，痛覺(jué)可能嚴(yán)重減弱。患者確實(shí)有無(wú)汗癥，但其嚴(yán)重程度尚不清楚。到目前為止，她沒(méi)有出現(xiàn)需要治療或評(píng)估的復(fù)發(fā)性發(fā)熱。此外，患者沒(méi)有霍納綜合征的跡象，盡管尚未進(jìn)行全面的自主神經(jīng)功能評(píng)估。大多數(shù)CIPA患者報(bào)告不同程度的智力障礙，這可能有助于診斷。但她自出生以來(lái)未曾出現(xiàn)智力障礙，毫無(wú)困難地完成了本科學(xué)位，并獨(dú)立從事有挑戰(zhàn)性的職業(yè)。雖然她的一些臨床表現(xiàn)暗示CIPA，但最引人注目的表現(xiàn)是她的夏科關(guān)節(jié)，這可能導(dǎo)致診斷延遲，因?yàn)榕R床評(píng)估主要集中在她的關(guān)節(jié)畸形上。

她的臨床表型似乎比之前報(bào)道的CIPA病例輕，可能是因?yàn)樗膬煞N變體都是剪接變體。這些剪接變體可能導(dǎo)致原肌球蛋白受體激酶A（TrkA）表達(dá)降低，但TrkA的殘余功能得以保留。我們的實(shí)驗(yàn)顯示，在c.1483+5G>A變異存在時(shí)，正確剪接的RNA顯著減少，表明先證者的轉(zhuǎn)錄本表達(dá)可能減少（見(jiàn)圖3B）。盡管由于所用檢測(cè)方法的性質(zhì)，我們無(wú)法量化這種減少程度。此外，由于我們無(wú)法測(cè)量該患者的蛋白質(zhì)表達(dá)，因此尚不清楚RNA剪接的減少對(duì)TrkA蛋白表達(dá)的影響。

我們回顧了有關(guān)NTRK1 c.851-33T>A致病變異的患者文獻(xiàn)。盡管報(bào)告的數(shù)據(jù)有限，但大多數(shù)患有此變異的患者都具有CIPA中描述的典型臨床表型，盡管有些病例表現(xiàn)較輕。這種變異性可能與患者攜帶的第二種變異有關(guān)。然而，對(duì)于報(bào)告中變異純合的患者，其臨床表型存在差異，表明可能存在其他因素調(diào)節(jié)病情的嚴(yán)重程度。

在這里，我們?cè)谝幻哂蟹堑湫虲IPA臨床特征的患者中發(fā)現(xiàn)了NTRK1基因中的一種新的可能致病變異。最初，由于缺乏分離研究，該變異被歸類為意義不明確，因?yàn)橹霸贑IPA患者中未見(jiàn)該變異。目前，ClinVar數(shù)據(jù)庫(kù)中僅有一個(gè)記錄，且該條目是在我們患者發(fā)現(xiàn)相同變異之前輸入的。該變異在gnomAD數(shù)據(jù)庫(kù)中也未見(jiàn)報(bào)道。通過(guò)計(jì)算模型預(yù)測(cè)對(duì)剪接的影響，發(fā)現(xiàn)MaxEntScan（我們患者中發(fā)現(xiàn)的變異）對(duì)剪接具有有害影響，支持了她的CIPA診斷。

盡管診斷技術(shù)不斷進(jìn)步，罕見(jiàn)病患者的評(píng)估仍存在大量未滿足的需求。本案例強(qiáng)調(diào)了對(duì)未確診疾病的成年患者進(jìn)行遺傳學(xué)轉(zhuǎn)診的重要性，也凸顯了利用外顯子組或基因組測(cè)序進(jìn)行全面診斷評(píng)估的必要性。據(jù)報(bào)道，罕見(jiàn)病患者經(jīng)歷診斷的平均時(shí)間通常為4至5年，甚至有患者長(zhǎng)達(dá)20年未被確診。在本病例中，由于早期分子檢測(cè)的可用性有限，導(dǎo)致了長(zhǎng)達(dá)40年的診斷歷程，并經(jīng)歷了多位專家的評(píng)估。罕見(jiàn)病患者不僅面臨漫長(zhǎng)的診斷過(guò)程，還可能遭遇誤診，導(dǎo)致無(wú)臨床益處的治療或手術(shù)。在此案例中，患者成年后至少接受過(guò)兩次膝關(guān)節(jié)穿刺，結(jié)果均為陰性。由于最初的疑似診斷和實(shí)驗(yàn)室檢查支持炎性關(guān)節(jié)炎，因此嘗試使用阿達(dá)木單抗并非不合理，但長(zhǎng)期使用可能帶來(lái)嚴(yán)重副作用，導(dǎo)致不良事件。

目前，尚無(wú)針對(duì)CIPA的治療方案。然而，在為該患者確診后，我們能夠改變醫(yī)療管理，以避免無(wú)效治療可能造成的未來(lái)醫(yī)源性傷害。在我們的病例中，準(zhǔn)確的診斷減少了患者的隨訪、實(shí)驗(yàn)室監(jiān)測(cè)、藥物負(fù)擔(dān)和經(jīng)濟(jì)壓力。盡管炎癥標(biāo)志物升高，但廣泛評(píng)估表明CIPA患者的夏科關(guān)節(jié)與炎癥細(xì)胞因子無(wú)關(guān)（表1和S1）。使用DMARD治療患者的夏科關(guān)節(jié)無(wú)效，盡管可能略微改善相關(guān)的反應(yīng)性炎癥，但炎癥標(biāo)志物的減少就是證據(jù)。