【佳學(xué)基因檢測】GWAS技術(shù)發(fā)現(xiàn)新的結(jié)直腸癌風(fēng)險位點：基因檢測再升級
結(jié)直腸癌基因檢測導(dǎo)讀
《腫瘤基因檢測及正確治療的必要性》指出：結(jié)直腸癌是男性第三大常見癌癥，女性第二大常見癌癥?！?a href='http://floridacomunitycollege.com/cp/zhongliu/' target='_blank'>腫瘤發(fā)生發(fā)展的趨勢分析》統(tǒng)計，僅2015年新增病例165萬例，死亡近835000例。單個個體體內(nèi)的腫瘤遺傳易感性基因是大腸癌發(fā)生的一個重要病因，它可以早期檢測，早期預(yù)防，并可以通過《婚前、孕前基因解碼阻斷遺傳》。據(jù)《結(jié)直腸癌發(fā)生的趨動基因》估計，結(jié)直腸癌的易感基因有APC、MUTYH、MLH1、MSH2、MSH6、PMS2、PTEN、STK11、GREM1、BMPR1A、SMAD4、POLE、POLD1、NTHL1和TP53等近850個。其中罕見的高外顯率種系突變在普通人群中的結(jié)直腸癌病例中所占比例不到10%。在過去十年中，全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）已經(jīng)確定了大約100個與結(jié)直腸癌風(fēng)險相關(guān)的獨立位點。然而，這些常見的遺傳風(fēng)險變異體或者是突變序列僅解釋了結(jié)直腸癌家族相對風(fēng)險的一小部分，表明其他給患者帶來易感性的基因突變序列并未能通過已有的GWAS突變得以發(fā)現(xiàn)，基于引，部分基因檢測機構(gòu)提出基因解碼解決方案，將腫瘤風(fēng)險及腫瘤致病基因的檢測拓展到數(shù)據(jù)庫記錄的位點之外。這一做法在奉行檢測指導(dǎo)共識的人群中持審慎態(tài)度，但是對于將探索結(jié)直腸癌的廣大未知領(lǐng)域的專家則對此持歡迎態(tài)度。
《腫瘤發(fā)生及轉(zhuǎn)移的人群差異》記錄了亞洲人在基因結(jié)構(gòu)上與歐洲后裔存在的顯著差異。亞洲人的遺傳學(xué)研究可能為探索結(jié)直腸癌的遺傳結(jié)構(gòu)提供機會，包括識別新的變異。結(jié)直腸癌基因解碼聯(lián)盟于2010年成立了亞洲結(jié)直腸癌聯(lián)合會（ACCC），以確定結(jié)直腸癌的新遺傳風(fēng)險因素。在過去的10年里，結(jié)直腸癌研究與治療聯(lián)盟已經(jīng)確定了大約30個新的結(jié)直腸癌風(fēng)險位點。為了進一步提高發(fā)現(xiàn)新的結(jié)直腸癌易感基因座的統(tǒng)計能力，結(jié)直腸癌基因解碼專業(yè)小組利用來自58131例病例和67347例歐洲血統(tǒng)對照組（10）的研究數(shù)據(jù)，復(fù)制了在三個東亞國家（中國、日本和韓國）進行的15項研究中招募的23572例病例和48700例對照組所組成的GWAS中發(fā)現(xiàn)的很有意義的基因突變序列。此外，結(jié)直腸癌風(fēng)險基因鑒定研究還加放了條件分析，以確定亞洲人先前研究中確定的每個結(jié)直腸癌風(fēng)險位點的潛在獨立信號。
結(jié)直腸癌風(fēng)險基因解碼新增加的基因檢測位點
| 基因座 | SNP | 位點坐標 (hg19) | 鄰近基因 | 等位基因 |
亞州人 ( 23,572 病例 48,700 對照）controls)
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歐洲裔 (58,131 病例 67,347 對照)
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綜合數(shù)據(jù)分析
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RAF | OR (95% CI) | P | Phet | RAF | OR (95% CI) | P | Phet | OR (95% CI) | P | Phet | |||||
| （選擇標準： P < 5 × 10−8 | ） | ||||||||||||||
| 1p13.3 | rs67052019 | 110,365,461 | EPS8L3 | Dela/Ref | 0.18 | 1.13 (1.08–1.18) | 3.9 × 10−8 | 0.28 | – | NAb | – | – | – | – | – |
| 12q22 | rs11108175 | 96,050,887 | NTN4 | A/G | 0.80 | 1.08 (1.05–1.12) | 5.7 × 10−6 | 0.10 | 0.59 | 1.05 (1.03–1.07) | 2.6 × 10−7 | 0.88 | 1.05 (1.04–1.07) | 2.7 × 10−11 | 0.10 |
| 12q24.21 | rs9634162 | 115,098,094 | TBX3 | A/G | 0.48 | 1.07 (1.03–1.10) | 2.4 × 10−5 | 0.68 | 0.51 | 1.04 (1.03–1.06) | 7.5 × 10−7 | 0.02 | 1.05 (1.03–1.07) | 2.3 × 10−10 | 0.24 |
| Loci near genome-wide significance with P <1 × 10−7 but > 5 × 10−8 | |||||||||||||||
| 8p21.2 | rs60911071 | 23,664,632 | STC1 | G/C | 0.64 | 1.07 (1.04–1.10) | 1.2 × 10−6 | 0.8 | 0.95 | 1.05 (1.01–1.10) | 3.2 × 10−2 | 0.14 | 1.07 (1.04–1.09) | 5.8 × 10−8 | 0.48 |
| 9p13.3 | rs62558833 | 34,039,002 | UBAP2 | T/C | 0.55 | 1.08 (1.05–1.11) | 3.6 × 10−7 | 0.1 | 0.29 | 1.03 (1.01–1.05) | 1.7 × 10−3 | 0.62 | 1.05 (1.03–1.06) | 7.5 × 10−8 | 0.01 |
Abbreviations: alleles, risk allele/reference allele; CI, confidence interval; Phet: P value derived from the heterogeneity test; RAF, risk allele frequency.
(責(zé)任編輯：佳學(xué)基因)
