【佳學基因檢測】基因解碼致病基因鑒定找到108個精神病風險位點,可以進行基因檢測
如何進行精神病的基因根源的基因解碼?
《精神病的發(fā)病根源研究》課題組,首先納入研究課題的人員的全基因組基因型分型數據,從中基因解碼研究人員構建了49個祖先匹配、非重疊的病例對照樣本(46個歐洲血統(tǒng)和3個東亞血統(tǒng),34241個病例和45604個對照),以及3個歐洲血統(tǒng)的基于家族的樣本(1235個受父母影響的后代三人組)。這些大數據集構成了主要的精神病患者全基因組關聯分析( GWAS)數據集。精神病基因病源學研究組使用統(tǒng)一的質量控制程序處理所有研究的基因型,然后使用1000基因組項目參考小組插補SNP和插入缺失。在每個樣本中,使用插補標記劑量和主成分(PCs)進行關聯測試,以控制人群分層。這些結果通過一個反向加權固定效應模型結合起來。質量控制后(插補信息得分)≥ 0.6,MAF≥ 0.01,并在≥ 20個樣本),課題組分析了大約950萬個變異序列。結果采用下圖方式展現。為了能夠獲得大樣本,精神疾病基因解碼課題組通過臨床醫(yī)生診斷而不是基于研究的評估來確定病例,并提供了這種方法有效性的證據。事后分析顯示,在不同的評估方法和確定模式中,相關位點的效應大小模式相似,這說明提交組基因檢測數據庫的位點,經過基因解碼分析事具有可重復性。這些數據進一步強化了基因解碼為基因檢測提供新型位點,并不斷提高全面性與正確性的證據。
精神病基因解碼所提交的基因檢測位點結果展示
曼哈頓發(fā)現圖——對49個病例對照樣本(34241個病例和45604個對照)和3個基于家庭的關聯研究(1235個受父母影響的后代三人組)進行全基因組關聯薈萃分析。x-y軸是染色體的位置(−log10(P))。紅線顯示全基因組顯著性水平(5×10)−8). 綠色的SNPs與代表獨立的全基因組顯著關聯的指數SNPs(菱形)在LD中。
基因解碼是如何建立個體、家族基因型與精神病患者基因檢測的因果關系的?
對于P<1×10-6的LD(連鎖不平衡)獨立SNPs子集−6在薈萃分析中,《精神病患者基因原因分析課題組》接下來獲得了解碼遺傳學的結果(1513例和66236例歐洲血統(tǒng)對照)。《精神病患者基因原因分析課題組》將LD非依賴性SNP定義為那些在500kb窗口內具有較低LD(r2<0.1)到更顯著相關SNP的SNP。鑒于擴展MHC區(qū)域的高LD跨度約為8MB,《精神病患者基因原因分析課題組》保守地只包含一個MHC SNP來代表該位點。然后將基因解碼數據與來自主要GWA的數據相結合,得到一個包含36989例病例和113075例對照的數據集。在最終分析中,128個LD獨立SNP超過了全基因組顯著性(P≤ 5×10-8) 。
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